Introduction : pourquoi la comptabilité d’une entreprise individuelle est stratégique
La comptabilité d’une entreprise individuelle (raison individuelle) en Suisse n’est pas qu’une simple obligation administrative. C’est un outil stratégique qui détermine :
- Votre revenu imposable et donc vos impôts
- Vos cotisations AVS/AI/APG (base de calcul)
- Votre capacité à optimiser votre prévoyance (3e pilier, LPP)
- Votre crédibilité lors des contrôles fiscaux, AVS ou TVA
Contrairement à une Sàrl où l’entreprise est imposée séparément, dans une raison individuelle, il n’existe pas de personnalité juridique distincte. Le résultat de votre activité se rattache directement à vous en tant que personne physique.
Ce guide pratique vous explique les obligations comptables réelles, comment vos impôts et cotisations sont calculés, et comment optimiser votre prévoyance.
📘 Pour les aspects juridiques et le choix de la forme : Guide complet sur l’entreprise individuelle en Suisse
📑 Sommaire
Obligations comptables d’une entreprise individuelle suisse
Les obligations comptables d’une entreprise individuelle en Suisse sont relativement souples, surtout au démarrage, mais elles dépendent directement de votre chiffre d’affaires et, dans certains cas, de votre assujettissement à la TVA.
Principe général : à quoi sert la comptabilité d’une raison individuelle ?
L’entreprise individuelle n’ayant pas de personnalité juridique distincte de son titulaire, la comptabilité sert avant tout à déterminer :
- Le revenu imposable de l’indépendant (impôts fédéral, cantonal, communal)
- La base de calcul des cotisations sociales AVS (environ 10% du revenu net)
- La traçabilité des opérations pour les contrôles fiscaux, AVS et TVA
Elle doit permettre de retracer de manière claire, complète et vérifiable les recettes et les dépenses liées à votre activité.
Point crucial : Contrairement à une Sàrl, vous n’établissez pas de comptes pour une « entité société » séparée. Votre comptabilité = votre revenu personnel.
Comptabilité simplifiée : la règle pour la majorité des indépendants
Lorsque votre chiffre d’affaires annuel est inférieur à CHF 500’000, vous pouvez tenir une comptabilité simplifiée. C’est le cas le plus fréquent pour les indépendants, en particulier au début de l’activité.
Principe de la comptabilité simplifiée :
- Relevé chronologique des recettes encaissées
- Relevé chronologique des dépenses payées
- Conservation de toutes les pièces justificatives
Cette comptabilité fonctionne sur une base « recettes – dépenses ». Elle permet de déterminer le bénéfice net imposable, sans obligation d’établir un bilan ou un compte de résultat formel comme pour les sociétés de capitaux.
❌ Erreur fréquente
Tout garder dans un seul compte bancaire personnel, sans aucun suivi structuré des recettes et dépenses professionnelles.
Conséquence : Difficultés majeures lors de la déclaration fiscale, impossibilité de justifier les charges déductibles, risque de redressements fiscaux et AVS.
Solution : Ouvrir un compte bancaire professionnel dédié dès le démarrage et tenir un minimum de suivi (tableur ou logiciel simple).
Obligations minimales à respecter (journal, justificatifs, conservation 10 ans)
Même en comptabilité simplifiée, certaines règles sont impératives :
1. Tenir un journal des recettes et des dépenses
- Peut être sous forme papier, tableur Excel ou logiciel comptable
- Chaque écriture doit pouvoir être reliée à une pièce justificative
- Date, montant, nature de la transaction, client/fournisseur
2. Conserver toutes les pièces justificatives
- Factures clients émises
- Factures fournisseurs reçues
- Quittances, tickets et reçus
- Extraits de compte bancaire et postaux
- Contrats, baux et documents liés à l’activité
3. Conservation obligatoire pendant 10 ans
- Cette obligation s’applique même si l’activité cesse entre-temps
- Délai de 10 ans à compter de la fin de l’exercice concerné
- Conservation physique ou électronique (backup sécurisé recommandé)
💡 Conseil de RISTER – Fiduciaire Genève
Numérotez vos factures clients de manière chronologique (2026-001, 2026-002, etc.) et classez-les par ordre dans un dossier physique ou numérique. Faites de même avec vos factures fournisseurs. Cette simple habitude facilite énormément la déclaration fiscale annuelle et les éventuels contrôles.
Comptabilité complète : quand devient-elle obligatoire ?
Lorsque votre chiffre d’affaires annuel atteint ou dépasse CHF 500’000, vous êtes soumis à l’obligation de tenir une comptabilité complète.
La comptabilité complète implique :
- Comptabilité en partie double (débit/crédit)
- Établissement d’un bilan annuel (actif, passif)
- Établissement d’un compte de résultat (produits, charges)
- Respect des principes du Code des obligations (CO) en matière de présentation des comptes
La comptabilité complète demande des compétences techniques plus avancées et justifie souvent :
- Le recours à une fiduciaire professionnelle
- L’utilisation d’un logiciel comptable structuré (Bexio, Crésus, Banana, SAP, etc.)
- Une révision comptable dans certains cas (si seuils dépassés)
⚠️ Important : Le seuil de CHF 500’000 pour la comptabilité complète est différent du seuil de CHF 100’000 pour l’inscription au registre du commerce et la TVA.
Comptabilité, TVA et AVS : ce qui relie tout
Votre comptabilité n’est pas qu’un outil fiscal. Elle est au centre de trois obligations majeures : TVA, AVS et impôts.
Lien avec la TVA : assujettissement et traçabilité
L’assujettissement à la TVA (dès CHF 100’000 de CA imposable) n’entraîne pas automatiquement l’obligation de tenir une comptabilité complète, mais il renforce considérablement les exigences de traçabilité.
Si vous êtes assujetti à la TVA, vous devez être en mesure de distinguer clairement :
- Recettes soumises ou non à la TVA (prestations imposables vs exonérées)
- TVA facturée aux clients (créance TVA envers l’État)
- TVA payée sur les achats (TVA récupérable selon votre méthode de décompte)
Risque d’une comptabilité approximative :
- Décomptes TVA erronés
- Corrections et rappels de l’AFC (Administration fédérale des contributions)
- Intérêts de retard et pénalités
- Contrôles TVA approfondis
💡 Conseil de RISTER – Fiduciaire Genève
Si vous êtes assujetti à la TVA, même en dessous de CHF 500’000 de CA, nous recommandons fortement l’utilisation d’un logiciel comptable qui gère la TVA automatiquement (Bexio, Crésus, etc.). Le gain de temps et la sécurité valent largement l’investissement de CHF 30-60/mois.
Lien avec l’AVS et les impôts : la comptabilité comme base de calcul
Votre comptabilité sert directement de base au calcul de :
| Élément | Base de calcul | Taux/Impact |
|---|---|---|
| Revenu imposable | Bénéfice net (recettes – charges déductibles) | Impôts fédéral + cantonal + communal (taux progressifs) |
| Cotisations AVS/AI/APG | Revenu net avant impôts | ~10% du revenu net (taux maximum) |
| Acomptes d’impôts | Estimation du bénéfice annuel | Selon barème cantonal |
La comptabilité détermine directement le montant de vos impôts et cotisations sociales.
⚠️ Risque d’un bénéfice mal documenté :
- Ajustements rétroactifs par l’administration fiscale ou la caisse AVS
- Taxation d’office si absence de pièces justificatives
- Refus de déduction de charges non documentées
- Intérêts de retard sur cotisations AVS sous-estimées
Exemple concret :
Un consultant déclare CHF 60’000 de charges déductibles mais ne peut fournir que CHF 30’000 de justificatifs lors d’un contrôle fiscal.
Conséquence : Redressement fiscal sur CHF 30’000 de revenus non justifiés + cotisations AVS supplémentaires + intérêts de retard = surcoût de CHF 8’000-12’000.
Bonnes pratiques dès le démarrage : séparer privé et pro
Même si la loi autorise une comptabilité simplifiée, il est fortement recommandé de :
✅ Les 4 réflexes comptables essentiels
- Séparer strictement finances privées et professionnelles : N’utilisez JAMAIS votre compte perso pour les transactions professionnelles
- Ouvrir un compte bancaire professionnel dédié : Facilite la traçabilité, rassure l’AVS et les autorités fiscales
- Classer les justificatifs de manière régulière : Dossier mensuel physique ou numérique (Dropbox, Google Drive avec structure claire)
- Suivre le résultat au moins une fois par trimestre : Permet d’anticiper impôts et AVS, et d’ajuster votre stratégie
Ces réflexes simples facilitent la gestion quotidienne, évitent les oublis et permettent de prendre de meilleures décisions, notamment en matière de fiscalité, d’AVS et de prévoyance.
Comment est imposée une entreprise individuelle ? (impôts et charges sociales)
En Suisse, l’entreprise individuelle n’est pas imposée comme une entité séparée. Il n’existe pas d’impôt sur les bénéfices au niveau de l’entreprise elle-même.
Imposition du bénéfice comme revenu personnel
Le bénéfice de la raison individuelle correspond à la différence entre les recettes et les charges professionnelles admises.
Formule :
Bénéfice net imposable = Chiffre d’affaires – Charges déductibles
(Matériel, locaux, assurances, déplacements, marketing, cotisations AVS, formation, etc.)
Ce bénéfice est ajouté à vos autres revenus éventuels (salaire, revenus immobiliers, placements) et est imposé comme revenu ordinaire.
L’imposition se fait à trois niveaux :
- Impôt fédéral direct (IFD)
- Impôts cantonaux et communaux (ICC)
- Le taux dépend du canton, de la commune, de la situation familiale et du niveau global de revenu
Il n’existe pas de taux unique : Plus le revenu global est élevé, plus le taux marginal d’imposition augmente (système progressif).
Exemple simplifié (Genève)
Un indépendant domicilié à Genève réalise un bénéfice annuel de CHF 80’000 avec son entreprise individuelle et n’a pas d’autres revenus.
Ce montant sera imposé comme revenu personnel, selon le barème genevois et fédéral, exactement comme s’il s’agissait d’un salaire.
Estimation des impôts (célibataire, sans enfants) :
- Impôt fédéral : ~CHF 2’500
- Impôts cantonal + communal : ~CHF 12’000-15’000
- Total impôts : CHF 14’500-17’500
Note : Les montants varient selon la situation personnelle (marié, enfants, déductions).
Cotisations AVS/AI/APG sur le revenu indépendant
En plus des impôts, l’indépendant doit s’acquitter des cotisations sociales sur son revenu net issu de l’activité indépendante.
Ces cotisations couvrent :
- AVS (Assurance-vieillesse et survivants)
- AI (Assurance-invalidité)
- APG (Allocations pour perte de gain)
Différence majeure avec le salarié : L’indépendant supporte seul l’intégralité des cotisations, puisqu’il n’y a pas de part « employeur » distincte.
Taux des cotisations AVS pour indépendants :
- Taux maximum : Environ 10% du revenu net (atteint à partir de ~CHF 58’800/an)
- Barème dégressif pour les revenus plus modestes
- Cotisation minimale : Environ CHF 510/an même si revenu faible
| Revenu net annuel | Taux AVS/AI/APG | Montant annuel approximatif |
|---|---|---|
| CHF 20’000 | Variable (barème dégressif) | ~CHF 1’200 |
| CHF 50’000 | ~9% | ~CHF 4’500 |
| CHF 80’000 | ~10% | ~CHF 8’000 |
| CHF 100’000 | ~10% | ~CHF 10’000 |
| CHF 150’000 | ~10% | ~CHF 15’000 |
Cotisations AVS/AI/APG indicatives 2026. Le taux exact dépend du revenu net précis.
Base de calcul : Revenu net avant impôts et avant déduction des charges sociales elles-mêmes.
Lien entre impôts, AVS et planification
Une augmentation du bénéfice entraîne mécaniquement :
- ↗️ Hausse des impôts (taux progressif)
- ↗️ Hausse des cotisations AVS (~10%)
D’où l’intérêt d’anticiper et d’optimiser :
- Calendrier d’investissements : Acheter du matériel en fin d’année pour déduire les charges
- Usage du 3e pilier (3a) : Déduction fiscale immédiate (jusqu’à CHF 7’056 ou CHF 35’280 selon situation)
- Éventuelle LPP volontaire : Cotisations déductibles + protection renforcée
- Planification pluriannuelle : Étaler les revenus pour éviter les pics d’imposition
💡 Conseil de RISTER – Fiduciaire Genève
Faites un point trimestriel avec votre fiduciaire pour estimer votre bénéfice prévisionnel de fin d’année. Cela vous permet d’ajuster votre stratégie fiscale avant la clôture de l’exercice : investissements complémentaires, cotisation 3e pilier optimale, provisions, etc.
Cas particuliers : frontaliers et double activité
Indépendant frontalier :
- Bénéfice imposable en Suisse (IFD + impôts cantonaux)
- Déclaration obligatoire en France avec exemption ou crédit d’impôt (selon convention fiscale)
- Coordination sociale : Règle des 25% d’activité dans l’État de résidence
Cumul salarié + indépendant (pluriactivité) :
- Addition des revenus pour le calcul des impôts
- Cotisations AVS sur chaque source de revenu (coordonnées pour éviter double cotisation)
- Complexité accrue si frontalier (coordination France-Suisse)
Ces situations nécessitent un accompagnement spécialisé pour optimiser impôts et cotisations sociales.
Prévoyance de l’indépendant : LPP et 3e pilier
En tant qu’indépendant, vous ne bénéficiez pas automatiquement de la prévoyance professionnelle (2e pilier – LPP) comme un salarié. Vous devez structurer vous-même votre prévoyance retraite.
2e pilier (LPP) : obligatoire seulement si vous avez des employés
Règle de base : Un indépendant exerçant en entreprise individuelle n’est pas soumis de manière obligatoire à la LPP pour lui-même.
Contrairement au salarié, il n’existe pas d’obligation légale de s’affilier à une caisse de pension pour couvrir les risques vieillesse, invalidité et décès.
⚠️ La LPP devient obligatoire si :
- Vous engagez des employés
- Leur salaire annuel dépasse le seuil d’entrée LPP (~CHF 22’680 en 2026)
- Vous devez alors les affilier à une institution de prévoyance professionnelle
Conséquence : Même si vous n’êtes pas obligé de vous assurer vous-même, vous devez mettre en place une caisse de pension pour vos employés (cotisations, déclarations, règlements).
Adhésion volontaire à la LPP : intérêt et conditions
Même sans obligation, un indépendant peut choisir de s’affilier volontairement à une institution de prévoyance professionnelle.
Cette option est pertinente si :
- Revenus réguliers et stables (> CHF 80’000/an)
- Volonté de renforcer la couverture invalidité/décès
- Optimisation fiscale à moyen et long terme (cotisations déductibles élevées)
- Préparation structurée de la retraite avec cotisations importantes
Conditions d’adhésion :
- Être reconnu comme indépendant par l’AVS (attestation AVS requise)
- Adhérer auprès d’une caisse de pension acceptant les indépendants
- Cotisations généralement 10-15% du revenu assuré
- Capital bloqué jusqu’à la retraite (comme pour les salariés)
💡 Conseil de RISTER – Fiduciaire Genève
Pour un indépendant en entreprise individuelle, la LPP n’est pas une priorité au démarrage. Privilégiez d’abord le 3e pilier (3a), plus souple et accessible. Envisagez une LPP volontaire dès que votre activité génère un revenu confortable et stable (> CHF 100’000/an).
Le choix entre rester hors LPP, cotiser volontairement ou combiner LPP et 3e pilier doit se faire selon votre situation personnelle, votre âge et vos objectifs de prévoyance.
3e pilier (3a) pour les indépendants : règles et plafonds 2026
Le 3e pilier (pilier 3a) est l’élément central de la prévoyance des indépendants en Suisse. Il n’est jamais obligatoire, mais constitue souvent le principal outil de constitution d’une retraite et d’optimisation fiscale.
Conditions pour cotiser au 3e pilier :
- Exercer une activité lucrative en Suisse
- Disposer d’un revenu soumis à l’AVS
- Être reconnu comme indépendant par la caisse AVS
Plafonds de cotisation 2026 pour indépendants :
| Situation | Plafond déductible 2026 | Calcul |
|---|---|---|
| Avec 2e pilier (LPP) | CHF 7’056 | Montant fixe annuel |
| Sans 2e pilier | CHF 35’280 | 20% du revenu net, maximum CHF 35’280 |
La plupart des indépendants n’ont pas de LPP et peuvent donc cotiser jusqu’à CHF 35’280/an.
Exemples concrets de cotisation 3a (sans LPP)
- Revenu net CHF 60’000 : Plafond = CHF 12’000 (20% × 60’000)
- Revenu net CHF 100’000 : Plafond = CHF 20’000 (20% × 100’000)
- Revenu net CHF 150’000 : Plafond = CHF 30’000 (20% × 150’000)
- Revenu net CHF 200’000 : Plafond = CHF 35’280 (maximum atteint)
Avantages du 3e pilier pour indépendants :
- Déduction fiscale immédiate : Économie de 20-40% selon votre taux marginal
- Capital constitué pour la retraite (croissance à long terme)
- Possibilité de retrait anticipé : Achat résidence principale, départ définitif Suisse, création entreprise
- Souplesse : Vous choisissez le montant chaque année (dans la limite du plafond)
Nouveauté 2026 : rattrapage des cotisations 3a
Depuis 2026, une nouvelle possibilité permet aux indépendants de rattraper les cotisations 3a non effectuées au cours des 10 dernières années.
Intérêt particulier pour :
- Indépendants qui ont peu cotisé au démarrage (faibles revenus)
- Personnes ayant repris une activité indépendante après plusieurs années
- Optimisation fiscale en cas d’année à fort bénéfice
Fonctionnement : Vous pouvez cotiser au-delà du plafond annuel pour compenser les années où vous n’avez pas cotisé le maximum (dans la limite des 10 ans précédents).
❌ Erreur fréquente
Négliger le 3e pilier les premières années pour « économiser » et se dire « je rattraperai plus tard ».
Conséquence : Perte de l’effet de capitalisation à long terme + perte des déductions fiscales annuelles (qui ne se rattrapent pas en termes d’économies réelles).
Solution : Cotiser au 3e pilier dès la première année, même avec un montant modeste (CHF 3’000-5’000), et augmenter progressivement.
Cas particuliers : frontalier et pluriactivité
Indépendant frontalier : imposition et charges sociales
Imposition du bénéfice :
- Bénéfice imposable en Suisse (impôt fédéral + cantonal + communal)
- Déclaration obligatoire en France mais bénéfice généralement exonéré ou neutralisé par crédit d’impôt (convention fiscale franco-suisse)
- Nécessite une déclaration coordonnée dans les deux pays
Cotisations sociales :
- Principe : Affiliation au système suisse si l’essentiel de l’activité est exercé en Suisse
- Règle des 25% : Si vous exercez une activité significative (≥ 25%) en France, l’affiliation peut basculer vers le régime français
- Coordination européenne : Règles complexes nécessitant souvent un certificat A1
Cohérence AVS et permis G : La reconnaissance du statut d’indépendant par l’AVS doit être cohérente avec le permis G délivré par l’OCPM. Toute incohérence peut entraîner contrôles et régularisations rétroactives.
Cumul salaire + activité indépendante : effets pratiques
Imposition :
- Addition des revenus : Salaire + bénéfice indépendant = revenu total imposable
- Taux d’imposition appliqué sur le revenu global (effet progressif)
- Déclaration fiscale unique intégrant les deux sources
Cotisations AVS :
- Cotisations prélevées sur chaque source de revenu
- Coordination entre employeur et caisse AVS indépendant pour éviter double cotisation sur la partie commune
- Décompte annuel pour régularisation
Complications accrues si frontalier :
- Salarié en France + indépendant en Suisse = règles de coordination UE applicables
- Détermination du régime social applicable (seuil 25%)
- Double déclaration fiscale avec mécanismes d’exemption
💡 Conseil de RISTER – Fiduciaire Genève
Les situations de pluriactivité (salarié + indépendant) ou de frontalier nécessitent un accompagnement spécialisé. Les erreurs peuvent coûter cher en termes de régularisations fiscales et sociales. Contactez une fiduciaire expérimentée dans les questions transfrontalières dès le démarrage de votre activité.
Check-list : mettre la comptabilité de votre entreprise individuelle au carré
✅ Votre check-list comptable complète
- Déterminer votre régime comptable : Simplifiée (< CHF 500’000) ou complète (≥ CHF 500’000)
- Ouvrir un compte bancaire professionnel dédié pour séparer strictement privé et pro
- Tenir un journal recettes-dépenses (tableur Excel minimum, logiciel comptable recommandé)
- Conserver toutes les pièces justificatives pendant 10 ans (factures, tickets, contrats, extraits bancaires)
- Vérifier votre assujettissement à la TVA (obligatoire dès CHF 100’000 de CA imposable)
- Anticiper vos cotisations AVS (~10% du revenu net) et demander un ajustement si nécessaire
- Mettre en place une stratégie 3e pilier dès la première année (déduction fiscale + prévoyance)
- Faire un point trimestriel sur votre bénéfice prévisionnel pour optimiser impôts et cotisations
- Envisager une LPP volontaire si revenus stables > CHF 100’000/an
- Demander conseil pour situations complexes : frontalier, double activité, transformation en Sàrl
- Préparer votre déclaration fiscale annuelle avec tous les justificatifs (ou mandater une fiduciaire)
- Planifier vos investissements en fin d’année pour optimiser charges déductibles
📘 Pour aller plus loin :
Sources
- Code des obligations suisse (CO) – Dispositions sur la comptabilité commerciale (art. 957 ss CO)
- SECO – Comptabilité obligatoire: obligation de tenir une comptabilité et seuil de 500’000 CHF
- SECO – Forme juridique: l’entreprise individuelle (responsabilité, comptabilité, fiscalité)
- OFAS – Activité indépendante: reconnaissance et cotisations AVS/AI/APG
- OCAS Genève – Informations AVS et prévoyance pour indépendants
